أنشئ القسم  مع نشأة الكلية في عام 1996 تحت مسمى ( الأقربازين والسموم ) وفي عام 1999 تم تعديل الاسم إلي الاسم المتعارف عليه حاليا وهو قسم الأدوية و السموم .

يقوم القسم  بتدرس علمين:

علم الادوية:

يهتم علم الأدوية بدراسة أنواع الأدوية المختلفة ودراسة آليات تأثير كل دواء ودواعي الاستخدامات العلاجية له وكذلك الآثار الجانبية والتفاعلات المحتملة مع الأدوية الأخري، كما يهتم بعلم الأدوية الإكلينيكي و دراسة التطبيقات العلاجية للأدوية و كيفية إختيار الأنسب منها في حالة تعارضها مع بعضها البعض أو تعارضها مع وظائف الجسم أو الحالة المرضية للمريض.

علم السموم :

وهو علم يختص بدرسة التأثيرات الضارة للأدوية والكيماويات و كيفية حدوث التسـمم بهذه المواد وسبل الوقاية و السيطرة على مضاعفات التسمم و أعرضها وكيفية علاجها و الوقاية منها .

يتيح القسم  العمل في العديد من المجالات البحثية، حيث يوفر المعامل المعدة بأجهزة حديثة من أجل مختلف القياسات. يمتد النشاط التدريسي والبحثي للقسم لبعض كليات الصيدلة التابعة للجامعات المصرية والعربية في مجالات شتى، وتتنوع المجالات البحثية لتشمل علاج تليف الكبد، العلاج الكيميائي، علم الأدوية العصبية، علم الأدوية الخاص بأمراض البروستاتا والتبويض، علم الأدوية الخاص بمرض السكر و قصور الدورة الدموية وعلم السموم البيئي.