يعتبر قسم العقاقير من الأقسام الأساسية والمتفردة في كلية الصيدلة حيث لا يوجد له نظير في الكليات العملية الأخرى، ويعنى القسم بتدريس مقررات: النباتات الطبية، العقاقير، كيمياء النواتج الطبيعية، ومراقبة الجودة على الأدوية العشبية وكذلك الإشـراف على تدريس بعض المقررات الأخرى. مثل علم النفس وعـلم الإجتماع و تهدف المقررات الدراسية بالقسم إلى تعريف الطالب بعلم العقاقير وأهمية تدريس مقررات هذا العلم في الحصول على مصدر غذائي ودوائي من النواتج الطبيعية (نباتية أو حيوانية أو معدنية)

يقوم القسم بتدريس المقررات التي تهتم بتعليم الطالب كيفية التعرف على النباتات الطبية في صورتها الكاملة أو في صورة مسحوق وكذلك التعرف على مكوناتها الكيميائية الفعالة بيولوجياً مثل القلوانيات، الزيوت الطيارة، الجليكوزيدات والفيتامينات والأملاح المعدنية.. الخ وأثر هذه المحتويات الكيميائية في معالجة الأمراض، ثم ينتقل الطالب إلى دراسة المكونات الفعالة من الناحية الكيميائية وطرق استخلاصها من مصادرها الطبيعية وطرق تعيين التراكيب البنائية لها .

يعنى القسم بدراسة الطرق التحليلية الخاصة بها. ثم ينتقل الطالب ليدرس في السنة النهائية مقرر العلاج العشبي البديل والرقابة النوعية على الأدوية العشبية بإستخدام الطرق الكروماتوجرافية والطيفية الحديثة لتقنين هذه الأدوية.ويمتد نشاط القسم إلى المساهمة في الأعباء التدريسية والبحثية في بعض كليات الصيدلة في الجامعات الأخرى.